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孕40天有褐色分泌物多与先兆流产、宫外孕、妇科炎症感染等因素有关：

1、先兆流产：孕40天有褐色分泌物有可能是怀孕的早期孕妇体内的孕酮水平低，不能支持内膜的发育造成了胎膜和子宫壁部分剥离，引起了局部血管网出血。针对类似的情况需要安排彩超、抽血检查，发现孕酮低后遵医嘱吃黄体酮胶囊或者地屈孕酮片保胎比较好；

2、宫外孕：在孕早期如果是宫外孕，随着胚胎在输卵管着床发育后，包块增大会引起输卵管壁损伤、破裂等，造成女性阴道有褐色分泌物。宫外孕的女性应该先安排住院观察，然后通过腹腔镜手术终止妊娠，避免造成大出血；

3、妇科炎症感染：当孕妇自身有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病时，随着孕期病情的发展或者加重，也会造成宫颈部位的血管网破裂，引起阴道少量褐色分泌物。针对宫颈炎的女性可以先休息暂停性生活，必要时遵医嘱口服抗宫炎胶囊改善，也可以等怀孕3个月以上阴道使用消糜栓治疗，但是比较大的宫颈息肉可以等孕3个月以上安排息肉摘除手术。